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農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)院由原農(nóng)學(xué)系、園藝系和食品科學(xué)系合并組建，其前身為1939年創(chuàng)建的國(guó)立西康技藝?？茖W(xué)校所設(shè)農(nóng)學(xué)科，是西昌學(xué)院歷史最為悠久的學(xué)院之一，有80年的辦學(xué)歷史。

　　1939年，天津北洋大學(xué)工學(xué)院內(nèi)遷西昌，創(chuàng)建國(guó)立西康技藝?？茖W(xué)校，設(shè)立農(nóng)學(xué)科（創(chuàng)辦農(nóng)學(xué)專業(yè)）；

　　1950年，國(guó)立西康技藝?？茖W(xué)校改名為西昌技藝專科學(xué)校，設(shè)農(nóng)學(xué)科；

　　1953年，西昌技藝專科學(xué)校改名為西昌農(nóng)業(yè)學(xué)校，設(shè)農(nóng)學(xué)科；

　　1976年，西昌農(nóng)業(yè)學(xué)校改名為西昌地區(qū)五·七農(nóng)業(yè)大學(xué)，設(shè)農(nóng)學(xué)科；

　　1978年，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，西昌地區(qū)五·七農(nóng)業(yè)大學(xué)改建成立西昌農(nóng)業(yè)?？茖W(xué)校，設(shè)農(nóng)學(xué)科；

　　1983年，西昌農(nóng)業(yè)?？茖W(xué)校新設(shè)園藝科；

　　1985年，農(nóng)學(xué)科和園藝科分別更名為農(nóng)學(xué)系和園藝系；

　　1993年，西昌農(nóng)業(yè)專科學(xué)校更名為西昌農(nóng)業(yè)高等?？茖W(xué)校，設(shè)農(nóng)業(yè)系和園藝系；

　　2002年，西昌農(nóng)業(yè)高等?？茖W(xué)校新設(shè)食品科學(xué)系；

　　2003年5月8日，教育部批準(zhǔn)西昌農(nóng)業(yè)高等?？茖W(xué)校、西昌師范高等專科學(xué)校、涼山大學(xué)、涼山教育學(xué)院合并組建西昌學(xué)院，設(shè)有農(nóng)學(xué)系、園藝系和食品科學(xué)系；

　　2010年，西昌學(xué)院院系調(diào)整；農(nóng)學(xué)系和園藝系合并組建農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)院，開設(shè)有農(nóng)學(xué)、園藝、煙草、土地資源管理、城鄉(xiāng)規(guī)劃、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理、園林技術(shù)等本（專）科專業(yè)；食品科學(xué)系與生化系組建輕化工程學(xué)院；

　　2017年，西昌學(xué)院學(xué)科專業(yè)調(diào)整；土地資源管理、城鄉(xiāng)規(guī)劃、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理等專業(yè)調(diào)出，食品質(zhì)量與安全、食品科學(xué)與工程、農(nóng)村區(qū)域發(fā)展、設(shè)施農(nóng)業(yè)科學(xué)與工程、食品藥品監(jiān)督管理等專業(yè)并入農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)院。

　　2020年農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)院專業(yè)調(diào)整；現(xiàn)設(shè)有農(nóng)學(xué)、園藝、煙草、風(fēng)景園林、食品質(zhì)量與安全、食品科學(xué)與工程、食品藥品監(jiān)督管理（專科）、園林技術(shù)（專科）等8個(gè)本（專）科專業(yè)。

　　2021年農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)院專業(yè)調(diào)整；風(fēng)景園林專業(yè)調(diào)出，現(xiàn)設(shè)有農(nóng)學(xué)、園藝、煙草、食品質(zhì)量與安全、食品科學(xué)與工程5個(gè)本科專業(yè)。

　　? ? ? ?2024年農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)院專業(yè)調(diào)整；現(xiàn)設(shè)有農(nóng)學(xué)、智慧農(nóng)學(xué)、園藝、煙草、食品質(zhì)量與安全、食品科學(xué)與工程6個(gè)本科專業(yè)。